Hươu nai sống rất sạch, không ăn các loại thức ăn bẩn, ôi thiu nên chúng ít bị bệnh, thỉnh thoảng mới bị các loại bệnh thông thường như: sình bụng, ỉa chảy, ký sinh trùng và chỉ cần điều trị như các loại gia súc khác, hươu sao có sức đề kháng bệnh tương đối cao, ít khi bị bệnh lặt vặt. Nếu nuôi hươu sao, cần lưu ý nguồn nước hợp vệ sinh như nước thủy cục hoặc nước giếng đóng có độ ph từ 6,5 đến 8,5 cũng đều sử dụng được. Tuy nhiên, ở Nghệ An đã xuất hiện một loại dịch lạ làm cho đàn hươu, nai của huyện chỉ bỏ ăn mấy ngày, sốt, chướng bụng rồi lăn ra chết hàng loạt. Cuối năm 2010, đầu 2011, hươu Quỳnh Lưu đứng trước nguy cơ toàn huyện có 483 con hươu bị chết. Nhiều con đang khoẻ mạnh, ăn uống bình thường, bỗng lăn ra chết. Ngoài ra, do thiếu kiến thức và kinh nghiệm trong nuôi nai nên nhiều hộ nuôi ở xã Hòa Kiến đã để nai bị chết trong lúc cắt nhung hay sinh đẻ.[13] Hươu sao là loài vật ít bị nhiễm bệnh nếu khu vực chuồng trại thường xuyên được vệ sinh, cách ly với môi trường bên ngoài.

Đối với loài nai đen, Nai dễ bị mắc bệnh cảm nóng và say nắng vào mùa hè từ tháng 4 đến tháng 8 ở Việt Nam do ở ngoài nắng gắt quá lâu, thiếu nước uống. Nai đột nhiên trông lờ đờ chậm chạp, thường hay nằm, không nhai lại, mạch nhanh, thở gấp, mắt đỏ ngầu, có khi mồ hôi toát ra đầm đìa. Không can thịêp kịp thời nai có thể bị chết. Vào mùa hè không cho nai ở ngoài trời nắng gắt quá lâu. Trong sân vườn nên có nhiều cây bóng mát, đặt nhiều chậu đựng nước có pha muối cho nai uống. Bệnh chướng bụng đầy hơi do nai ăn phải thức ăn kém phẩm chất, như lá cỏ bị thối, mốc, hoặc lá cỏ tươi còn ướt nước hoặc đẫm sương, chúng cũng bị bệnh do nai ăn nhanh quá hay no quá, nhất là ăn no xong lại vận động ngay. Cũng có thể do thay đổi thức ăn đột ngột, từ thức ăn tươi chuyển sang thức ăn khô, hoặc cho ăn no đói thất thường. Do do thức ăn trong dạ cỏ lên men nhanh, sinh ra nhiều hơi, làm bụng phình chướng lên về phía bên trái (phồng cao hơn cả mõm xương hông).

Nếu lấy ngón tay gõ vào vùng bụng này sẽ nghe như tiếng trống. Trực tràng đầy phân, dạ cỏ mất phản xạ co bóp, ngày càng chướng to ép lên cơ hoành, gây rối loạn tuần hoàn. Con vật thở rất khó khăn 2 lỗ mũi nở to, mạch nhanh, cổ cứng đờ. Bệnh nặng hơn nữa thì nai sùi bọt mép, ra mồ hôi đầm đìa, mạch yếu dần, rồi chết vì ngạt thở. Do đó trong chăn nuôi không cho nai ăn những thức ăn kém phẩm chất, không cho ăn quá no và sau khi ăn cần tránh cho vận động quá mức. Không cho ăn lá, cỏ ướt nhiều thành phần và khối lượng thức ăn cần thay đổi dần dần tránh đột ngột. Đối với bệnh ỉa chảy thì triệu chứng có thể thấy là nai đi phân lỏng do thức ăn kém phẩm chất hoặc do ăn nhiều thức ăn ướt có nhiều nước như củ khoai lang, dây lạc, thức ăn ủ xanh hay đường tiêu hoá bị viêm hoặc giun sán quá nhiều. Thời tiết thay đổi đột ngột, ăn ở bẩn và chật cũng là một trong những nguyên nhân gây ra bệnh này. Nai kém ăn, hơi sốt, mũi khô, lông xơ xác.

Thời gian đầu thường táo bón, sau ỉa lỏng nhiều lần, làm dính bẩn từ khấu đuôi đến khoeo chân. Phân có màu xanh vàng, sau xanh đen xám, mùi thối khắm, nhiều khi có lẫn những màng nhầy. Nai bị bệnh gầy đi rất nhanh do mất nhiều nước, kiệt sức dần rồi chết. Ban đầu để nai nhịn ăn hẳn trong 1-2 ngày và cho uống nhiều nước sắc đặc những thứ lá chát như búp ổi, lá sim, hồng xiêm để tống hết những thức ăn còn trong dạ dày và cho ăn cháo gạo hay cháo cám có bỏ muối mấy ngày sau khi khỏi đồng thời.